토모큐브가 2025년 4분기 실적 발표를 통해 시장의 기대를 뛰어넘는 성적표를 제시하며 바이오 기술 기업으로서의 실질적인 수익 창출 능력을 입증했다. 상장 이후 지속적인 기술 고도화와 글로벌 직판 체제 구축에 힘써온 결과, 분기 첫 영업이익 흑자 전환이라는 의미 있는 이정표를 세웠다. 이는 단순한 기술 기대감을 넘어 실적 기반의 펀더멘털 강화 구간으로 진입했음을 의미하며, 키움증권은 이를 반영해 목표주가를 기존 70,000원에서 80,000원으로 14% 상향 조정했다.

분기 첫 흑자 전환과 실적 퀀텀 점프의 배경

토모큐브의 2025년 4분기 실적은 매출액과 영업이익 모두 가이던스를 상회하며 어닝 서프라이즈를 기록했다. 그동안 연구 개발(R&D) 비용 지출로 인해 적자를 지속해왔으나, 고단가 장비인 HT-X1 Plus의 판매 비중 확대와 산업용 모듈 매출의 본격적인 인식이 실적 개선을 견인했다.

특히 12월 연말 예산 집행이 몰리는 계절적 특수성과 함께 미국 내 직판 체제가 안정화되면서 수익성이 급격히 개선되었다. 과거 대리점 체제에서 발생하던 수수료 비용이 절감되고, 장비 판매뿐만 아니라 AI 기반 분석 소프트웨어의 구독 매출이 더해지면서 매출의 질적인 성장도 함께 이루어졌다.

표 1. 토모큐브 최근 실적 및 향후 전망 (단위: 억 원)

항목	2023년(연간)	2024년(연간)	2025년(연간/E)	2026년(전망)
매출액	37.5	59.4	103.0	223.0
영업이익	-67.3	-87.8	-66.0	12.0
영업이익률	-181.1%	-149.2%	-64.1%	5.4%
지배순이익	-235.5	-83.0	-63.0	15.0

2025년 연간으로는 여전히 적자 기조이나, 4분기 단일 분기 흑자 달성은 2026년 연간 흑자 전환에 대한 확신을 심어주는 강력한 신호다. 2026년은 매출액 220억 원을 돌파하며 본격적인 증익 구간에 진입할 것으로 전망된다.

독보적인 홀로토모그래피(HT) 기술력과 시장 지배력

토모큐브의 핵심 경쟁력은 세계 최초로 상용화에 성공한 2세대 홀로토모그래피(HT) 기술에 있다. 이는 살아있는 세포를 염색이나 고정 과정 없이 3D 고해상도 영상으로 관찰할 수 있는 기술이다. 기존의 형광 현미경이나 공초점 현미경은 세포에 형광 물질을 입히는 과정에서 광독성(Phototoxicity)이 발생해 세포가 손상되거나 변형되는 한계가 있었다.

반면 토모큐브의 HT 기술은 빛의 굴절률을 이용해 세포 내부 구조를 시각화하므로 생체 시료 본연의 상태를 장기간 모니터링할 수 있다. 이러한 비침습적 분석 방식은 특히 오가노이드(미니 장기)나 세포 치료제 연구에서 대체 불가능한 도구로 자리 잡고 있다.

최근 미국 FDA가 동물 실험 의무를 폐지하고 오가노이드 등 대체 시험법을 공식화하는 ‘FDA 현대화법 2.0’을 시행함에 따라, 토모큐브의 장비 수요는 폭발적으로 증가하는 추세다. 글로벌 빅파마와 연구 기관들이 고가의 HT-X1 Plus 시리즈를 도입하며 표준 공정 진입을 준비하고 있다는 점은 장기적인 로열티를 확보하는 계기가 될 것이다.

비바이오(산업용) 확장과 AI 소프트웨어의 삼위일체

토모큐브는 바이오 분야를 넘어 반도체 및 디스플레이 검사 시장으로의 확장을 가속화하고 있다. 3D 광학 계측 기술을 활용해 하이브리드 본딩 공정에서의 결함 분석이나 유리기판의 미세 균열을 검사하는 산업용 모듈 매출이 2025년 4분기부터 의미 있게 발생하기 시작했다.

산업용 검사 시장은 바이오 시장보다 규모가 훨씬 크고 반복 수주가 빈번하다는 특징이 있다. 이미 국내 주요 OLED 검사 장비 업체와의 협업을 시작으로 글로벌 소재/부품/장비 기업들과 PoC(기술 검증)를 진행 중이며, 이는 향후 토모큐브의 실적 상단(Upside)을 크게 열어주는 핵심 모멘텀이 될 것으로 보인다.

여기에 가상 염색(Virtual Staining) 기술을 적용한 AI 분석 소프트웨어는 장비 판매 이후에도 지속적인 현금 흐름을 창출하는 구독 모델로 진화하고 있다. 하드웨어 판매로 시장을 선점하고 소프트웨어로 고객을 락인(Lock-in)하는 전략은 토모큐브를 단순한 제조 기업에서 ‘세포 분석 플랫폼 기업’으로 변모시키고 있다.

형님 기업 파크시스템스와의 심층 비교

토모큐브가 시장에서 높은 평가를 받는 이유 중 하나는 국내 나노 계측 분야의 선두주자인 파크시스템스의 성장 궤적을 닮아가고 있기 때문이다. 파크시스템스가 원천 기술인 원자현미경(AFM)을 통해 신시장을 개척하며 1.7조 원대의 시가총액을 형성했듯이, 토모큐브 역시 홀로토모그래피 분야에서 독보적 기술 장벽을 구축하고 있다.

표 2. 토모큐브 및 주요 섹터 내 경쟁사 비교 분석

회사명	시가총액(억)	GP/A (%)	PER	PBR	주요 기술
토모큐브	7,680	11.36	N/A	19.65	홀로토모그래피
파크시스템스	17,071	43.69	34.82	7.82	원자현미경
클래시스	43,627	37.57	36.97	8.39	의료용 레이저
큐리옥스바이오	19,568	5.20	N/A	36.41	세포 분석 세척
휴젤	29,960	30.36	21.06	3.31	보툴리눔 톡신

파크시스템스와 비교했을 때 토모큐브의 현재 매출 규모는 작지만, GP/A(자산 대비 총이익)의 개선 속도와 해외 매출 비중 증가세는 과거 파크시스템스의 폭발적 성장기 모습과 유사하다. 특히 파크시스템스가 반도체 공정 미세화 수혜를 입었듯, 토모큐브는 바이오 분야의 오가노이드 트렌드와 반도체 패키징 검사 수요라는 두 마리 토끼를 잡고 있다는 점에서 향후 밸류에이션 리레이팅 가능성이 매우 높다.

투자 인사이트 및 목표주가 상향의 근거

이번 리포트에서 제시된 목표주가 80,000원은 2027년 예상 실적을 기반으로 산출되었다. 현재 주가 58,000원 대비 약 38%의 상승 여력이 남아있는 셈이다. 키움증권 신민수 애널리스트가 강조한 것처럼 ‘주가 오르기 전에 알았더라면 좋았을 것들’은 결국 실적 가시성이 확보되는 흑자 전환 시점에 주가가 어떻게 반응하는지를 의미한다.

흑자 전환에 성공한 바이오 기업은 시장에서 ‘희소성’이라는 프리미엄을 부여받는다. 그동안의 적자 구조에서 벗어나 자생 가능한 현금 흐름 구조로 전환되었다는 점은 금리 환경이나 외부 변수에 대한 내성이 생겼음을 뜻한다.

또한, 2026년 상반기 예정된 산업용 수주 계약 체결과 하반기 초고가 신제품인 ‘HT-X1 Max’ 출시 등 촘촘한 모멘텀이 대기하고 있다. 단기적으로는 상장 이후 잔존한 벤처캐피털(VC) 물량 등 수급적 변동성이 발생할 수 있으나, 기업의 본질적인 펀더멘털 개선 속도가 오버행(잠재적 매도 물량) 우려를 압도하고 있는 국면이다.

세포 분석의 글로벌 표준을 꿈꾸는 토모큐브는 이제 기술력 증명을 마치고 상업적 결실을 거두는 단계에 진입했다. 투자자들은 지금의 흑자 전환을 일시적인 현상이 아닌, 거대한 성장 서사의 시작점으로 인식할 필요가 있다.

(본 보고서는 주식 시장에 대한 이해를 돕기 위한 정보 제공을 목적으로 하며, 특정 종목에 대한 투자 권유를 의미하지 않습니다. 투자는 전적으로 본인의 판단과 책임 하에 이루어져야 합니다.)